Als Verein wird die ZGF von einem Vorstand geführt. Die Mitgliederversammlung wählt und entlastet diesen Vorstand. Er besteht aus bis zu acht Personen und ist auf drei Jahre gewählt. Der Vorstand beschließt über das vom Geschäftsführer vorgelegte Jahresprogramm, den Haushalt und die Vermögensverwaltung.
Alle Vorstandsmitglieder sind ehrenamtlich tätig. Der ZGF-Vorstand wiederum beruft die Mitglieder des Stiftungsrates unserer Förderstiftung „Hilfe für die bedrohte Tierwelt“.
Klaus Becker ist amtierender ZGF-Präsident. Er wurde am 22. September 2014 ins Amt gewählt und ist seit 2010 Mitglied des Stiftungsrates der Stiftung Hilfe für die bedrohte Tierwelt. Klaus Becker ist seit Oktober 2023 Chairman Europe, Middle East, Africa and India der KPMG EMA Cooperative und Mitglied im Global Executive Committee und Global Board von KPMG International.
Professor Dr. Katrin Böhning-Gaese ist Mitglied im ZGF-Vorstand seit 2019. Sie ist seit 2010 Direktorin des Senckenberg Biodiversität- und Klima- Forschungszentrums (BiK-F) in Frankfurt. Sie ist Direktoriumsmitglied der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung sowie Professorin für Biodiversity and Range Dynamics an der Goethe-Universität.